**四、定点突变引物设计与PCR扩增**
1. **引物设计要求**:定点突变引物的设计应包括5'-15-21bp反向互补区域与至少15bp的非互补区域。反向互补区域的GC含量应保持在40%-60%之间,突变位点应位于引物的3'端,且其Tm值为60°C。设计引物时需根据实验目标选择相应模块。
2. **PCR扩增建议**:建议使用与试剂盒搭配的扩增模块进行PCR,并根据实验情况摸索最佳的退火温度,以优化反应体系及程序。
3. **PCR扩增体系**:对于50μl的PCR扩增体系,推荐投入模板质粒1ng,扩增循环数应控制在35个以内。
**扩增产物的DpnI消化与纯化**
1. 取5μl的扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,鉴定是否得到目的大小的条带。若结果符合要求,剩余的扩增产物应进行DpnI消化(将45μl扩增产物与1μl DpnI混合,轻轻吸打均匀后在37°C下反应1-2小时,以消化质粒模板,随后在70°C处理15分钟以失活DpnI)。
2. 推荐采用切胶回收的方法进行纯化,确保切胶时间控制在3分钟内,避免紫外照射对DNA造成损害。使用NanoDrop或OneDrop等仪器测定回收浓度,要求浓度≥20ng/μl,并进行电泳以确认回收产物为单一目的条带。
3. 若回收浓度不足,可以通过增加反应体系的方式,采用多管反应后单管回收的方法,以提高产物浓度。
**重组反应**
1. 按照说明书要求计算连接反应体系中各组分的投入量,各组分体积应不低于1μl,若浓度过高可进行稀释后使用。
2. 按说明书要求进行连接反应程序,建议在PCR仪中进行反应。
**感受态转化**
1. 在转化过程中,选择DH5α或Fast-T1等化学感受态细胞以进行克隆。
2. 感受态细胞不可重复冻融,取出后建议一次用完。
3. 重组产物与感受态细胞的体积比应为1:10,推荐的用量为10μl重组产物加入100μl感受态细胞,或者5μl重组产物加入50μl感受态细胞。
4. 热激时间应按照感受态细胞说明书的要求进行操作。
5. 使用的抗生素应与转化载体的抗性相一致。
6. 关于菌液涂板的体积:将菌液离心(2500×g,3分钟),移去多余的LB培养基,保留100μl重悬液后完成涂板,或根据需要吸取适当体积进行涂布。
**常见问题分析**
1. **质粒模板无法正常扩增**:引物设计可能存在错误,反向互补区域长度应为15-21bp,GC含量需确保在40%-60%之间。如有偏差,将影响重组效率,建议使用CEDesign进行在线设计。
2. **质粒模板质量差**:通过凝胶电泳检测质粒模板,如出现开环、线性条带或拖尾现象,均表明模板质量不佳,需要重新制备。
3. **PCR反应体系或程序设置不当**:过多的质粒模板投入量会抑制PCR反应,建议每50μl体系中投入1ng的模板。基于引物的Tm值,应设定合理的范围进行梯度优化。如果质粒长度超过8kb,可考虑采用双/多点突变策略进行分段扩增。
4. **非目标位点碱基突变**:如突变位置位于引物处,建议重新合成引物并再次实验;若突变位于其他位置,应使用高保真酶重新制备模板进行实验。
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